Tuy nhiên, mức lương phải đảm bảo bằng hoặc cao hơn gần nhất với hệ số lương mà họ được hưởng trước khi chuyển sang làm việc tại DN KHCN. Để đảm bảo quyền chủ động và năng động cho các tổ chức doanh nghiệp KHCN, Thông tư này quy định, doanh nghiệp KHCN bao gồm công ty cổ phần và công ty trách nhiệm hữu hạn được thành lập và hoạt động theo quy định của Luật Doanh nghiệp; thang, bảng lương của các DN KHCN là do doanh nghiệp đó tự quy định. Theo Thứ trưởng Bộ KH&CN Nguyễn Quân, khó khăn lớn nhất mà các doanh nghiệp KHCN đang gặp phải không chỉ là vấn đề con người mà còn là các chính sách liên quan.