Trong số các đề tài thực hiện từ năm 2009, một số đề tài thuộc chương trình hợp tác song phương với nước ngoài, như chương trình hợp tác song phương Việt Bỉ với kết quả là 5 bài báo công cố quốc tế trên tạp chí ISI và 1 cuốn sách được xuất bản tại Châu Âu. Các chương trình hợp tác quốc tế này cũng giúp đào tạo được nhiều thạc sỹ và tiến sỹ, trong đó ít nhất có 10 lượt nhà khoa học trẻ có cơ hội được đào tạo, trao đổi ngắn hạn tại các trường đại học và viện nghiên cứu của nước ngoài.
Hiện nay, Quỹ vẫn đang tiếp tục triển khai hoạt động hợp tác quốc tế với các đối tác đã thiết lập quan hệ như Quỹ Khoa học Đức (DFG), Quỹ Giáo dục Việt nam của Mỹ (VEF), Viện Nghiên cứu phát triển và Trung tâm Nghiên cứu Khoa học Quốc gia Pháp (IRD và CNRS), Hiệp hội Phát triển Khoa học Nhật Bản (JSPS), v.v. Ngoài ra, Quỹ đang chuẩn bị nhân lực và chuyên môn để tham gia thực hiện Dự án "Đối mới sáng tạo hướng tới người nghèo" (VIIP) trển khai tại Việt Nam do Ngân hàng Thế giới cấp vốn.
Không chỉ hỗ trợ các nhà khoa học và viện nghiên cứu, Nafosted còn triển khai các chương trình hỗ trợ cho doanh nghiệp qua các hình thức là hỗ trợ trực tiếp, bảo lãnh vốn vay, và cho vay. Đến nay, Quỹ đã quản lý và nghiệm thu được 28 đề tài nghiên cứu do doanh nghiệp thực hiện với tổng kinh phí hỗ trợ hơn 33 tỷ VND. Tính đến 30/9/2012, Quỹ cũng thực hiện bảo lãnh được 39 dự án trên toàn quốc với tổng dư nợ 16,8 tỷ đồng (phần bảo lãnh của Quỹ là 12,3 tỷ đồng). Cũng trong năm 2012, Quỹ đã thực hiện thí điểm cho vay vốn tại 4 dự án, trên cơ sở phối hợp với 2 ngân hàng trong hoạt động thẩm định tín dụng.
Nhằm tăng hiệu quả hoạt động và tính công khai minh bạch, Quỹ đã tiến hành thực hiện theo hệ thống quản lý chất lượng tiêu chuẩn TCVN ISO 9001: 2008, và đặt mục tiêu trong Quý 1 năm 2013 sẽ được cấp chứng chỉ đạt tiêu chuẩn này. Bên cạnh đó, hệ thống cơ sở dữ liệu chuyên gia, đề tài, và kết quả thực hiện đề tài được cập nhật để bảo bảo tính mới, chính xác, phục vụ hiệu quả cho hoạt động quản lý, với một cơ sở dữ liệu chuyên gia gồm thông tin của hơn 1000 nhà khoa học, và cơ sở dữ liệu đề tài gồm danh sách và sơ đồ phân tích dữ liệu trong 4 năm giai đoạn 2009-2012.