Trong buổi làm việc, Bộ trưởng Nguyễn Quân đã báo cáo tổng quan với Phó Thủ tướng về việc hướng dẫn các Bộ, ngành, địa phương, xây dựng kế hoạch khoa học và công nghệ trong giai đoạn 5 năm 2011 – 2015, và việc chuẩn bị hội nghị "tiếp tục đổi mới cơ chế quản lý, tổ chức và hoạt động khoa học công nghệ".
Bộ trưởng cũng kiến nghị về một số tồn tại mà Chính phủ và Bộ cùng cần quan tâm giải quyết. Cụ thể là vấn đề cơ chế quản lý và tổ chức thực hiện các nhiệm vụ khoa học công nghệ còn chưa gắn với nhu cầu sản xuất kinh doanh, khả năng thương mại hóa sản phẩm nghiên cứu còn thấp; vấn đề cơ chế tài chính cho hoạt động khoa học công nghệ còn bất cập, khiến phân tán nguồn vốn NSNN, và chưa huy động được nguồn lực đầu tư từ doanh nghiệp và xã hội; vấn đề chế độ đãi ngộ cho nhà khoa học còn chưa thỏa đáng, đặc biệt là đối với những người thực hiện những nhiệm vụ trọng điểm của quốc gia.
Phó Thủ tướng đã hoan nghênh những kết quả bước đầu của Bộ KH&CN trong việc hướng dẫn xây dựng Kế hoạch KH&CN 5 năm 2011-2015, bày tỏ sự quan tâm sâu sắc tới vai trò của khoa học công nghệ trong tăng cường thực hiện mục tiêu phát triển kinh tế xã hội theo chiều sâu trong giai đoạn hiện nay và sắp tới.Phó Thủ tướng cũng nhất trí cần có cơ chế tài chính đặc biệt đối với những nhà khoa học được Nhà nước giao chủ trì nhiệm vụ KH&CN đặc biệt cấp quốc gia, những người làm khoa học cơ bản và khoa học xã hội chủ chốt, có cơ chế khuyến khích các công bố quốc tế.
Thay mặt Bộ KH&CN, Bộ trưởng Nguyễn Quân đã tiếp thu những ý kiến chỉ đạo của Phó Thủ tướng Nguyễn Thiện Nhân, cảm ơn sự quan tâm chỉ đạo của Chính phủ đối với ngành KH&CN, khẳng định sẽ cùng tập thể các cán bộ KH&CN tạo nên những đổi mới tích cực về cơ chế quản lý, tổ chức và hoạt động KH&CN.