Điểm mù trong việc theo dấu Omicron

Các nhà nghiên cứu đang nhanh chóng giải trình tự bộ gene của các mẫu virus trên toàn thế giới và muốn theo dõi sát sao hành trình của các biến thể mới, nhưng những lỗ hổng trong hệ thống giám sát toàn cầu khiến nhiệm vụ này thách thức hơn.

Một phòng lab ở New Delhi, Ấn Độ giải trình tự gene để truy dấu Omicron. 

Omicron đang lan nhanh như cháy rừng và chưa đủ dữ liệu khẳng định nó sẽ làm tăng tỉ lệ tăng nặng và tử vong hơn Delta hay không. Chính vì thế, các nhà nghiên cứu đang chạy đua để theo dõi, nghiên cứu sát sao về Omicron bằng cách giải trình tự bộ gen của coronavirus. Tuy nhiên, việc giám sát Omicron thông qua giải trình tự bộ gene có thể chậm hơn mong đợi. 

Một chiều hướng tích cực là các nhà nghiên cứu đang giải trình tự bộ gen SARS-CoV-2 nhiều hơn bao giờ hết, giúp họ “theo dõi” được Omicron tương đối nhanh chóng. Kể từ tháng 4 năm ngoái – khoảng 16 tháng xảy ra đại dịch – cơ sở dữ liệu trực tuyến GISAID đã lưu dữ liệu giải trình tự 1 triệu bộ gene SARS-CoV-2. Và kể từ đó, các nhà nghiên cứu trên khắp thế giới đã gửi thêm năm triệu trình tự lên GISAID trong khoảng tám tháng. “Chúng ta đang ở có điều kiện để theo dõi Omicron hoặc các biến thể mới nổi nào khác tốt hơn nhiều”, Kelly Wroblewski, giám đốc phụ trách các bệnh truyền nhiễm tại Hiệp hội các phòng thí nghiệm sức khỏe cộng đồng ở Silver Spring, Maryland, cho biết.

Tuy nhiên, các nhà nghiên cứu cảnh báo rằng vẫn còn những khoảng trống đáng lo ngại trong việc giải trình tự dữ liệu khiến cho việc theo dõi, phân tích quá trình lây lan của các biến thể đều trở nên khó khăn. “Các con số rất phức tạp và phân tán”, Wroblewski nói. 
Tỷ lệ giải trình tự rất khác nhau giữa các quốc gia mang lại những nét vẽ khác nhau trong một bức tranh không đồng đều về việc biến thể này đang lây lan nhanh chóng qua biên giới của các quốc gia. Ví dụ: Theo dữ liệu giải trình tự được đăng tại GISAID, có 10 tiểu bang của Hoa Kỳ giải trình tự dưới 2% các ca dương tính với COVID-19. Ngược lại, các bang Wyoming, Colorado và Vermont lại giải trình tự hơn 10% các trường hợp dương tính ở đây trong cùng một khoảng thời gian.

Nhưng ngay cả khi một khu vực giải trình tự được nhiều trường hợp dương tính thì người ta vẫn có thể để “sót” mất các biến thể và không kịp theo dõi nếu xét nghiệm kém hoặc sai lệch. Ví dụ: một số quốc gia chủ yếu kiểm tra khách du lịch quốc tế. Ngay cả khi họ giải trình tự tất cả các mẫu đó, thì họ vẫn có thể bỏ sót một biến thể đã lây nhiễm và lưu hành trong nước.

Khoảng cách dữ liệu

Đối mặt với những thách thức như vậy, nhà dịch tễ học Sam Scarpino và các đồng nghiệp của ông tại Viện Phòng chống Đại dịch thuộc Quỹ Rockefeller ở Washington DC đã tìm kiếm những cách mới để hiểu rõ hơn hành trình lây lan của các biến thể. Một phương pháp là sử dụng một mô hình mà họ đã xây dựng để tính toán, ước lượng khả năng lây truyền Omicron ở trong một vùng, trong điều kiện xét nghiệm và giải trình tự gene virus ở khu vực đó. 

Nhóm cũng đang dựng nên các mốc thời gian bằng cách sử dụng các dữ liệu về Omicron được tải lên cơ sở dữ liệu của GISAID mỗi ngày, từ đó giúp vẽ ra bức tranh phát hiện biến thể này một cách rõ ràng hơn. Họ sắp xếp các trình tự dựa trên mốc thời gian ngày tháng mà các mẫu được thu thập. Nhưng các mốc thời gian cũng rất phức tạp và có thể gây nhầm lẫn, vì có quá nhiều mốc thời gian: giữ thời điểm một người được xét nghiệm dương tính với thời điểm mẫu đó được chuyển đến phòng lab giải trình từ gene, sau đó lại tới thời điểm báo cáo cho các nhà quản lý và gửi lên cơ sở dữ liệu GISAID. 

Dave Luo, một nhà khoa học dữ liệu làm cố vấn cho viện nghiên cứu về đại dịch của Rockefeller cảnh báo rằng với các mốc thời gian như thế này thì không thể xác định được một mình biến chủng Omicron lây lan như thế nào. Để làm được điều đó, các nhà khoa học cần phải so sánh sự khác biệt giữa các trình tự gene Corona, xây dựng một cây tiến hóa của virus. Hiện nay các nhà dịch tễ học bộ gene, chẳng hạn Dự án Nextstrain đang tiến hành các loại phân tích kiểu như thế này để theo dõi quá trình phát triển của Omicron.

Tất cả các nghiên cứu này đều đang diễn ra hàng ngày khi các chuỗi trình tự Omicron mới liên tục đươc cập nhật từ khắp nơi trên thế giới. Các nhà khoa học đang nhìn thấy sự gia tăng nhanh chóng số lượng các giải trình tự gene kể từ sau khi Tổ chức Y tế Thế giới đặt tên Omicron là một biến thể đáng lo ngại vào ngày 26 Tháng 11. Ngay sau thông báo của WHO, 15 quốc gia đã gửi 187 trình tự bộ gene của Omicron lên GISAID. Đến ngày 14 tháng 12, 55 quốc gia đã chia sẻ 4.265 trình tự Omicron. 

Bảo Như lược dịch
Nature doi: https://doi.org/10.1038/d41586-021-03698-